Hiện tên ông đã được đặt cho nhiều trường học và nhiều con đường trên cả nước, trong đó có trường chuyên của tỉnh Nghệ An và một con phố lớn tại Hà Nội, Hạ Long.

Tại Huế, khu di tích, tưởng niệm Phan Bội Châu tọa lạc trên con đường cùng tên (119 Phan Bội Châu, Thành phố Huế, Thừa Thiên - Huế). Lăng mộ cùng với mái nhà tranh nhỏ nơi cụ từng sống, cách nhau chỉ vài bước chân.

Đặc biệt bên cạnh lăng mộ cụ có sáu tấm bia mộ hai con chó được chính tay Phan Bội Châu dựng lên. Trong thời gian sống tại Huế, Phan Bội Châu có nuôi hai con chó đặt tên là Ky và Vá, khi nó mất Phan Bội Châu đã lập mộ cho chúng. Con Vá mất ngày 21 tháng 5 năm Giáp Tuất (1934) và con Ky vào năm Đinh Sửu (1936). Trong những sáng tác văn thơ ông cũng có bài viết về lòng trung thành và dành nhiều tình cảm cho hai con vật này. Tờ Trung kỳ tuần báo số 14, ngày 15 tháng 4 năm 1936, Phan Bội Châu có bài viết về con Vá với nghĩa dũng sâu sắc.[21]

Tác phẩm về cách mạng Việt Nam

• Việt Nam Quốc sử khảo (1909)
• Ngục Trung Thư (1913) – Sài Gòn: Nhà xuất bản Tân Việt, 1950
• Lưu Cầu Huyết Lệ Tân Thư (19??)
• Việt Nam vong quốc sử (1905)
• Việt Nam Quốc sử bình diễn ca (1927)
• Cao đẳng Quốc Dân Di Cảo – Huế: Nhà xuất bản Anh-Minh, 1957
• Chủng diêt dự ngôn – Hà Nội: Nhà xuất bản Khoa hoc xã hội, 1991
• Tân Việt Nam – Hà Nội: Nhà xuất bản Cục lưu trữ nhà nước, 1989
• Thiên Hồ Đế Hồ – Hà Nội: Nhà xuất bản Khoa học xã hội, 1978
• Khuyến quốc dân du học ca
• Hải ngoại huyết thư (1906)
• Dĩ cửu niên lai sở trì chủ nghĩa
• Hà thành liệt sĩ ca
• Truyện Lê Thái Tổ
• Tuồng Trưng nữ vương
• Gia huấn ca
• Giác quần thư
• Nam quốc dân tu tri
• Nữ quốc dân tu tri
• Truyện Chân tướng quân (1917)
• Truyện tái sinh sinh
• Truyện Phạm Hồng Thái

Tác phẩm biên khảo, thi ca

• Ký niệm lục
• Vấn đề phụ nữ
• Luận lý vấn đáp
• Sào nam văn tập
• Hậu Trần dật sử – Hà Nội: Nhà xuất bản Văn hóa-thông tin, 1996
• Khổng Học Đăng (19??) – Houston, TX: Nhà xuất bản Xuân Thu, 1986
• Phan Bội Châu Niên Biểu – Sài Gòn: Nhóm nghiên-cứu Sử Địa, 1971
• Phan Bội Châu Toàn Tập – Huế: Nhà xuất bản Thuận hóa: Trung tâm văn hóa ngôn ngữ Đông Tây, 2001
• Trùng Quang Tâm Sử Hà Nội: Nhà xuất bản Văn học, 1971 [22].